Проникващите в клетките пептиди са малки пептиди, които могат лесно да проникнат през клетъчната мембрана.Този клас молекули, особено CPPs с таргетиращи функции, обещава ефективно доставяне на лекарства до целевите клетки.
Следователно изследванията върху него имат определено биомедицинско значение.В това проучване CPPs с различни трансмембранни активности са изследвани на ниво последователност, опитвайки се да открият факторите, влияещи върху трансмембранната активност на CPPs, разликите в последователностите между CPPs с различни активности и NonCPPs и да се въведе метод за анализ на биологични последователности.
CPPs и NonCPPs последователности бяха получени от базата данни на CPPsite и различни литератури и трансмембранни пептиди (HCPPs, MCPPs, LCPPs) с висока, средна и ниска трансмембранна активност бяха извлечени от CPPs последователностите за конструиране на набори от данни.Въз основа на тези набори от данни бяха проведени следните проучвания:
1, Аминокиселинният и вторичният структурен състав на различни активни CPPs и NonCPPs бяха анализирани чрез ANOVA.Установено е, че електростатичните и хидрофобните взаимодействия на аминокиселините играят важна роля в трансмембранната активност на CPPs, а спиралната структура и произволното навиване също влияят на трансмембранната активност на CPPs.
2. Физическите и химичните свойства и дължините на CPPs с различни дейности бяха показани на двуизмерната равнина.Беше установено, че CPPs и NonCPPs с различни дейности могат да бъдат групирани в някои специални свойства, а HCPPs, MCPPs, LCPPs и NonCPPs бяха разделени на три клъстера, показващи техните разлики;
3. В тази статия се въвежда концепцията за физичен и химичен центроид на биологична последователност и остатъците, съставляващи последователността, се разглеждат като точки на частици, а последователността се абстрахира като система от частици за изследване.Този метод беше приложен към анализа на CPP чрез проектиране на CPP с различни дейности върху 3D равнината чрез PCA метод и беше установено, че повечето CPP са групирани заедно, а някои LCPP са групирани заедно с NonCPP.
Това проучване има последици за проектирането на CPP и разбирането на разликите в последователностите на CPP с различни дейности.В допълнение, методът за анализ на физически и химичен центроид на биологични последователности, въведен в тази статия, може да се използва и за анализ на други биологични проблеми.В същото време те могат да се използват като входни параметри за някои проблеми с биологичната класификация и да играят роля в разпознаването на образи.
Време на публикуване: 15 юни 2023 г