Схема на проектиране и решение на полипептидна пептидна верига

I. Резюме
Пептидите са специални макромолекули, така че техните последователности са необичайни по своите химични и физически характеристики.Някои пептиди са трудни за синтезиране, докато други са относително лесни за синтезиране, но трудни за пречистване.Практическият проблем е, че повечето пептиди са слабо разтворими във водни разтвори, така че при нашето пречистване, съответната част от хидрофобния пептид трябва да се разтвори в неводни разтворители, следователно тези разтворители или буфери вероятно ще бъдат силно несъвместими с употребата на биологични експериментални процедури, така че на техниците е строго забранено да използват пептида за свои собствени цели, така че по-долу са няколко аспекта на дизайна на пептиди за изследователи.

Схема на проектиране и решение на полипептидна пептидна верига
Второ, правилният избор на синтетични трудни пептиди
1. Обща дължина на регулираните надолу последователности
По-лесно се получават пептиди с по-малко от 15 остатъка, тъй като размерът на пептида се увеличава и чистотата на суровия продукт намалява.Тъй като общата дължина на пептидната верига нараства над 20 остатъка, точното количество на продукта е ключова грижа.В много експерименти е лесно да се получат неочаквани ефекти чрез понижаване на броя на остатъците под 20.
2. Намалете броя на хидрофобните остатъци
Пептидите с голямо преобладаване на хидрофобни остатъци, особено в областта 7-12 остатъка от С-края, обикновено причиняват синтетични затруднения.Това се разглежда като неадекватна комбинация именно защото при синтеза се получава Б-сгънат лист."В такива случаи може да е полезно да се преобразуват повече от два положителни и отрицателни остатъка или да се постави Gly или Pro в пептида, за да се отключи пептидният състав."
3. Намаляване на „трудните“ остатъци
„Има редица Cys, Met, Arg и Try остатъци, които обикновено не се синтезират лесно.“Ser обикновено ще се използва като неоксидативна алтернатива на Cys.
Схема на проектиране и решение на полипептидна пептидна верига

Трето, подобрете правилния избор на разтворими във вода
1. Регулирайте N или C края
По отношение на киселинните пептиди (т.е. отрицателно заредени при рН 7), ацетилирането (N-края ацетилиране, С края винаги поддържа свободна карбоксилна група) е особено препоръчително за увеличаване на отрицателния заряд.Въпреки това, за основни пептиди (т.е. положително заредени при рН 7), аминирането (свободна аминогрупа в N-края и аминирането в С-края) се препоръчва особено за увеличаване на положителния заряд.

2. Силно съкратете или удължете последователността

Някои от последователностите съдържат голям брой хидрофобни аминокиселини, като Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr и Ala и др. Когато тези хидрофобни остатъци надхвърлят 50%, те обикновено не се разтварят лесно.Може да е полезно да се удължи последователността за допълнително увеличаване на положителните и отрицателните полюси на пептида.Вторият вариант е да се регулира надолу размера на пептидната верига, за да се увеличат положителните и отрицателните полюси чрез понижаване на регулацията на хидрофобните остатъци.Колкото по-силни са положителните и отрицателните страни на пептидната верига, толкова по-вероятно е тя да реагира с водата.
3. Поставете във водоразтворим остатък
За някои пептидни вериги комбинацията от някои положителни и отрицателни аминокиселини може да подобри разтворимостта във вода.Нашата компания препоръчва N-края или С-края на киселинните пептиди да се комбинират с Glu-Glu.Беше даден N или C край на основния пептид и след това Lys-Lys.Ако заредената група не може да бъде поставена, Ser-Gly-Ser може също да бъде поставена в N или C края.Този подход обаче не работи, когато страните на пептидната верига не могат да бъдат променени.